Προσωρινά κρατούμενοι, με τη σύμφωνη γνώμη εισαγγελέα και ανακριτών, έπειτα από μία μαραθώνια συνεδρίαση που διήρκεσε συνολικά 24 ώρες, κρίθηκαν ο Γιάννος Παπαντωνίου και η σύζυγός του Σταυρούλα Κουράκου με την κατηγορία της νομιμοποίησης εσόδων από παράνομες δραστηριότητες.
Η απολογιτική διαδικασία ήταν μαραθώνια. Τη Δευτέρα ο Γιάννος Παπαντωνίου κατέθετε επί 12 ώρες με αποτέλεσμα η διαδικασία να διακοπεί και να συνεχιστεί την Τρίτη. Ακολούθησε η απολογία της συζύγου του που κράτησε περίπου πέντε ώρες. Και οι δύο, παρά τους ισχυρισμούς τους, δεν έπεισαν ανακριτές και εισαγγελέα πως δεν έχουν καμία εμπλοκή στην υπόθεση της νομιμοποίησης παράνομων αμοιβών ύψους 2,8 εκατ. ελβετικών φράγκων, που φέρεται να έλαβε ο πρώην υπουργός.
Ειδικότερα, κατά τη διαδικασία το ζευγάρι αρνήθηκε ενώπιον των ανακριτών Διαφθοράς Ηλιάννας Ζαμανίκα και Γιώργου Ευαγγέλου ότι έλαβαν δώρα για να προωθήσει ο Γ.Παπαντωνίου την υπογραφή της σύμβασης εκσυγχρονισμού των 6 φρεγατών τύπου S του Πολεμικού Ναυτικού στην γαλλική εταιρεία THALES καθώς και εκείνη που αφορούσε τα αντισταθμιστικά ωφελήματα που απέρρεαν από αυτήν.
Ο πρώην υπουργός του ΠΑΣΟΚ δέχθηκε δεκάδες ερωτήσεις για την σύμβαση που δεκαπέντε χρόνια μετά την υπογραφή της, τον κατέστησε υπόλογο ενώπιον της Δικαιοσύνης. Είναι η σύμβαση 010Β/03 που υπογράφηκε στις 6.2.2003 για τον εκσυγχρονισμό μέσης ζωής έξι φρεγατών τύπου «S» του Πολεμικού Ναυτικού με αντισυμβαλλόμενα μέρη την εταιρεία Ελληνικά Ναυπηγεία Α.Ε. -ως κύριου αναδόχου- και υποκατασκευαστή την εταιρεία THALES NEDER LAND B.V. και του υπουργείου Εθνικής Άμυνας .
Στο βαρύτατο κατηγορητήριο, που υπερίσχυσε έναντι των απαντήσεων του πρώην υπουργού και της συζύγου του στην κρίση των δικαστικών λειτουργών για την ποινική τους μεταχείριση, αναφέρεται ότι για την επίμαχη σύμβαση ο Γιάννος Παπαντωνίου έλαβε ως δώρο το επίμαχο χρηματικό ποσό. Μάλιστα οι ανακριτές θεωρούν τα χρήματα αυτά μέρος ενός ποσού περίπου 4 εκατομμυρίων ελβετικών φράγκων που ερευνάται καθώς πιθανολογείται πως διατέθηκαν για να προωθηθούν συγκεκριμένες συμβάσεις του Υπουργείου Άμυνας .
Το ποσό της δωροδοκίας που καταλογίζεται στον πρώην υπουργό του ΠΑΣΟΚ φαίνεται να είναι σε άμεση σχέση με το κόστος για το έργο της αναβάθμισης των φρεγατών, περίπου 400 εκατομμύρια ευρώ , χρήματα που πλέον οι ανακριτές θεωρούν ζημιά του Δημοσίου.
Η δικογραφία αναφέρεται σε εισροές χρηματικών ποσών, από λογαριασμό της γαλλικής εταιρίας, σε λογαριασμό που διατηρούσε στην Γενεύη ο αποβιώσας πλέον αντιπρόσωπος της, Χαράλαμπος Μπεκατώρος. Από εκεί τμηματικά μεταφέρονται στην Κύπρο από όπου γίνονται τμηματικές αναλήψεις ποσών. Τα επίμαχα ποσά κατά τους ανακριτές εμφανίζονται κατατεθημένα σε λογαριασμούς πολιτικού μηχανικού, φίλου του ζεύγους Παπαντωνίου. Ο μηχανικός που είναι κατηγορούμενος στην υπόθεση , απολογήθηκε πριν λίγες ημέρες στους Ανακριτές Διαφθοράς και αφέθηκε ελεύθερος με χρηματική εγγύηση 500 χιλιάδων ευρώ και απαγόρευση εξόδου από την χώρα.